好醫生集團自創立之初就把“科技創新”放在重要的位置，已建立起較為完善的科研系統。

研發中心是集團的重要職能部門，以市場為導向，選擇有效、安全的品種作為研發目標，承擔著中藥制劑、化藥原料及制劑、保健食品的研發，致力于腫瘤、消化、心血管、內分泌等疾病領域的新藥研究和開發。集團成立了“科研總部”暨“神農-阿波羅藥物研究中心，下轄SLS-DDA、DDH、DDZ、DDW、DDC、HKB六大技術平臺，建立起藥物的發現、藥效非臨床評價、藥學研究、安全研究及臨床研究等新藥研發體系。現有各類高素質研發人員及專家顧問300余人，其中50%以上具有碩士學歷，包括杰青、外籍專家、海歸等各類人才。研發中心依靠集團每年固定的科研經費投入，配備了各類世界先進儀器科研設備。研發中心堅持產、學、研結合，與國內外包括北京大學、四川大學華西醫學中心、北京協和醫院等20余家高校、科研院所及外包研究單位建立密切的合作關系。